Большинство населения исповедует римо-католицизм (76,5%). Вторая по численности группа верующих — православные (11,1%). Мусульман — 1,2%, протестантов — 1,4%. Представителей других религиозных конфессий 7%, атеистов — 3,9%.
В современной Хорватии среди верующих преобладают католики (более 75%). В связи с выселением значительной части сербов за пределы страны доля православного населения сократилась и составляет менее 10% (в 1991 – 11,1%); численность мусульман ок. 1%, протестантов – менее 1%. В Загребе и Осиеке имеются общины евреев-ашкенази, а в Сплите и Дубровнике – евреев-сефардов.
В 3–1 вв. до н.э. римляне захватили территории Хорватии и кельтско-иллирийское население Хорватии было обращено в митраизм, а в первые века н.э. приняло христианство.
Однако древние культы вновь возродились во время славянских вторжений в 6–7 вв. Римские миссионеры обратили в христианство хорватов византийской Далмации, позже они были крещены франкскими миссионерами. На территории Хорватии столкнулись интересы Западной (Римской) и Восточной (Византийской) церквей.
Католическая церковь Хорватии сохраняла восточные традиции до начала 10 в. При короле Хорватии Петре Крешимире (правил в 1058–1074) было введено безбрачие священников, разрешено богослужение только на латинском языке, произошло освобождение церкви от налогообложения. В 16 в. преимущественно в аристократической среде распространился протестантизм (после Контрреформации он сохранился только среди венгерского и словацкого меньшинств). Вторжение турок и захват ими большей части хорватских земель вызвали массовые миграции.
Епископ Йосип Юрай Штросмайер (1815–1905) из города Дьяково (Славония) являлся хорватским церковным и политическим деятелем 19 в., его целью являлось «окатоличивание» православных сербов.

В то же время на I Ватиканском соборе (1870) он выступил против принятия догмата о папской непогрешимости, опасаясь, что это помешает сближению Католической и Православной церквей.
В период между двумя мировыми войнами Католическая церковь в Хорватии утратила свое влияние, поскольку в целом в Югославии наибольший авторитет имела Православная церковь. Во время Второй мировой войны некоторые католические священники поддерживали режим пронацистского государства – сателлита Германии.
В 1960-е годы почти прекратились преследования Католической церкви (аресты священников и конфискация церковного имущества), а также поощрения религиозных организаций, поддерживавших правящий режим.
Югославией в 1966 г. был подписан протокол с Ватиканом, в котором говорилось о нормализации отношений, что будет способствовать снижению напряженности во всех религиозных общинах.
Правда, в 1970–1980-е годы периодически поднимались кампании против католичества, обычно сопровождавшиеся обвинениями в тайном сговоре Католической церкви с хорватскими националистами. Однако все религиозные группы Хорватии имели лояльное отношения с властными структурами, особенно в 1980-е годы.
С 1990 Католическая церковь вновь заняла доминирующее положение в хорватском обществе. В начале 1998 страну посетил папа Иоанн Павел II, оказавший поддержку Туджману и его курсу на национальное возрождение. В ходе его визита была проведена беатификация кардинала А.Степинаца.